Palester po podjęciu decyzji o zostaniu na Zachodzie znalazł się w niezwykle trudnej sytuacji zawodowej i materialnej. Dołączył się do tego głęboki kryzys wewnętrzny. Skutków swojej decyzji kompozytor nie mógł przewidzieć do końca. W paryskiej „Kulturze” w 1951 roku opublikował dwa artykuły: Konflikt Marsjasza oraz Uwagi o muzyce, czyli „Pazylogia” i „współczesny Apollo”, będące tyleż analizą sytuacji muzyki w krajach obozu socjalistycznego, co osobistym wyznaniem. Teksty Palestra, niewątpliwie niezwykle ważne dla zrozumienia jego motywacji i ostatecznego wyboru, są również w owym czasie jedynym głosem protestu polskiego kompozytora wobec działań władz reżymowych.

Gdy w 1952 roku powstała polska sekcja Radia „Wolna Europa” w Monachium, jej kierownik, Jan Nowak-Jeziorański powierzył Palestrowi kierownictwo działu kulturalnego, zaś Barbara Palestrowa objęła dział muzyczny. W ciągu dwudziestu lat pracy w rozgłośni Palester prowadził cykle audycji (m.in. „Okno na Zachód” i „Muzyka obala granice”), poświęconych wydarzeniom kulturalnym na Zachodzie, organizował na antenie dyskusje literackie na temat książek polskich, prezentował współczesne wydarzenia muzyczne, komentował życie muzyczne w kraju, polemizując, zwłaszcza w latach 1952-1956, z zasadami polityki kulturalnej w PRL i założeniami estetyki socrealistycznej.

W latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych Palester skomponował szereg nowych utworów, w których zaznaczyły się zmiany estetyki i stylu. Początkowo współpracował jeszcze z Międzynarodowym Towarzystwem Muzyki Współczesnej, zasiadał w jury festiwali we Frankfurcie nad Menem (1951), Oslo (1953) i Sztokholmie (1956). Gdy jednak władze Międzynarodowego Towarzystwa Muzyki Współczesnej zażądały, by utwory na festiwale były zgłaszane za pośrednictwem sekcji krajowych, a w 1957 roku została reaktywowana polska sekcja, Palester – posługujący się przez całe życie paszportem uchodźczym – stracił kontakt z popierającym go dotąd środowiskiem międzynarodowym. Zmiany polityczne w Polsce w 1956 roku spowodowały wprawdzie, że muzyka Palestra wróciła na estrady koncertowe w kraju (m.in. wykonano Requiem, kantatę Wisła, IV Symfonię), ale był to tylko krótki epizod i już po 1960 roku zapis cenzury na jego nazwisko obowiązywał nadal. Status emigranta i praca w rozgłośni „Wolna Europa” nie przysparzały Palestrowi popularności także na Zachodzie, gdzie wśród intelektualistów i artystów nie brakowało wówczas zwolenników lewicy, nawet w jej totalitarnym, sowieckim wydaniu.

Jednak i wówczas odnosił Palester znaczne sukcesy kompozytorskie, a wśród wykonawców jego muzyki znaleźli się tacy dyrygenci, jak Franz André i Stanisław Skrowaczewski. W 1955 roku Roman Palester oraz dwaj inni kompozytorzy emigracyjni – Andrzej Panufnik i Antoni Szałowski – otrzymali Nagrodę Muzyczną Polskich Oddziałów Wartowniczych przy Armii Amerykańskiej w Europie. Pomimo intensywnej pracy dziennikarza radiowego Palester nie zaniechał działalności twórczej (zgodnie z ustaleniami poczynionymi z Janem Nowakiem przedpołudnia poświęcał pracy w rozgłośni, popołudnia zaś - komponowaniu). W 1962 roku otrzymał pierwszą nagrodę na konkursie Włoskiej Sekcji Międzynarodowego Towarzystwa Muzyki Współczesnej za akcję muzyczną Śmierć Don Juana. W 1965 przypadła Palestrowi w udziale nagroda muzyczna Fundacji im. Alfreda Jurzykowskiego w Nowym Jorku (za 1964 rok) zaś w 1967 roku został odznaczony w Londynie Złotym Krzyżem Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej.