Palester nie był prześladowany przez władze PRL, wręcz przeciwnie - uznawany powszechnie za następcę Karola Szymanowskiego należał do tych twórców, których starano się pozyskać dla celów polityki kulturalnej prowadzonej przez państwo. Jednak intensywność zajęć zawodowych i organizacyjnych, a także ogólna atmosfera polityczna nie sprzyjały twórczości kompozytorskiej. Palester nie czuł powołania do pracy dydaktycznej, nie znosił ustawicznych zebrań i działań społecznych, do których był zmuszany pospołu z innymi artystami. W dodatku dom w Krakowie, w którym otrzymał mieszkanie przy ul. Lea 5a, został zajęty przez Urząd Bezpieczeństwa Publicznego. Wskutek interwencji ministra Stanisława Radkiewicza pozostawiono wprawdzie Palestra w zajmowanym przez niego lokalu, szybko jednak zorientował się z kim przyszło mu „sąsiadować”. Referendum w 1946 roku i sfałszowane wybory do Sejmu w styczniu 1947 roku nie pozwalały oczekiwać zmian na lepsze. W tej sytuacji już na początku 1947 roku Palester wziął urlop z uczelni, zrezygnował ze stanowiska prorektora Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej i wyjechał wraz z żoną do Paryża. Oboje byli oficjalnie delegowani przez Ministerstwo Kultury i Sztuki i otrzymali paszporty z prawem wielokrotnego przekraczania granicy. Nie zamierzali emigrować, a Palester w latach 1947-1948 często przyjeżdżał do Polski, by współpracować przy realizacji filmów, co zapewniało mu wysokie zarobki. Szybko jednak zarysował się konflikt pomiędzy nim a polskim środowiskiem muzycznym i władzami ministerialnymi, zwłaszcza gdy w 1948 roku odmówił udziału w Światowym Kongresie Intelektualistów w Obronie Pokoju we Wrocławiu. Sam kompozytor przyznawał później, że brakowało mu wówczas „realizmu politycznego”, a wystarczył rok pobytu we Francji, by nie zdawał sobie do końca sprawy ze zmian zachodzących w Polsce, zwłaszcza w przełomowych dla kultury latach 1948-1949.

Plany rządu reżymowego zmierzały do podporządkowania całej sfery kultury celom propagandowym i uczynienia z niej narzędzia totalitarnej władzy. Podobnie jak w literaturze i sztukach plastycznych narzuconym kierunkiem stał się realizm socjalistyczny (w skrócie zwany socrealizmem). Jego założenia proklamowano na Ogólnopolskim Zjeździe Kompozytorów i Krytyków Muzycznych w Łagowie Lubuskim w dniach 5-9 sierpnia 1949 roku. Palester przyjechał do Łagowa na specjalne zaproszenie Ministra Kultury i Sztuki, Włodzimierza Sokorskiego, pokryto mu nawet koszty podróży. Zaraz po zjeździe powrócił jednak do Paryża. Propozycje objęcia stanowiska rektora Państwowej Wyższej Szkoły Muzycznej w Warszawie lub dyrekcji Filharmonii Narodowej czynione mu w Łagowie przez Sokorskiego spowodowały jednak, iż kompozytor myślał przez pewien czas o powrocie do Polski. Wprawdzie w tymże 1949 roku Roman Palester i jego żona złożyli w Paryżu podanie o papiery uchodźcze jednak kompozytor w dalszym ciągu miał nadzieję, że uda mu się pozostać w Paryżu zachowując kontakty z Polską i współpracę z Polskim Wydawnictwem Muzycznym. Liczył też, ze będzie mógł dalej korzystać z tantiem przesyłanych mu za pośrednictwem ZAiKS-u. Tymczasem w 1950 roku władze polskie odmówiły mu definitywnie przekazywania w dewizach pieniędzy z konta ZAiKS. Jednocześnie na polecenie Ministerstwa Kultury i Sztuki wycofano z planu wydawniczego Polskiego Wydawnictwa Muzycznego wyciąg fortepianowy jego Koncertu skrzypcowego. Gdy więc w sierpniu 1950 roku w prasie emigracyjnej ukazała się oficjalna notatka, iż Palester odmówił powrotu do kraju, pozostając na Zachodzie, nastąpiło ostateczne zerwanie więzi łączących go z instytucjami polskimi. Palester w 1951 roku sam zrezygnował z członkostwa w ZAiKS-ie i zapisał się do Société des Auteurs, Compositeurs et Editeurs de Musique w Paryżu. Konsekwencją jego decyzji były represje w kraju: skreślenie go z listy członków Związku Kompozytorów Polskich, a następnie zakaz wykonań jego utworów. Nazwisko Palestra zniknęło z publikacji, katalogów wydawniczych a nawet czołówek filmów, zaś egzemplarze drukowanych po wojnie w Polskim Wydawnictwie Muzycznym utworów oddano na przemiał.