W wyniku ustaleń konferencji jałtańskiej (luty 1945) Polska znalazła się w strefie wpływów sowieckich; konsekwencją była zmiana ustroju i powołanie nowego rządu pod auspicjami ZSRR oraz uwięzienie przywódców Armii Krajowej i brutalna rozprawa z dawnymi strukturami podziemia. Władze brytyjskie przestały uznawać Rząd Rzeczypospolitej Polskiej na emigracji, a Polskie Siły Zbrojne na Zachodzie zlikwidowano. Nowe władze w Polsce wprowadziły cenzurę, kontrolę prasy, publikacji i widowisk, co w sposób zasadniczy ograniczało rozwój kultury. Jednakże w pierwszych latach powojennych presja wywierana na życie muzyczne nie była jeszcze tak dotkliwa, natomiast podstawową sprawą stała się odbudowa i reorganizacja instytucji i stowarzyszeń muzycznych.

W 1945 roku Palestrowie zamieszkali w Krakowie, gdzie zaczęły się tworzyć pierwsze struktury organizacyjne umożliwiające rozwój życia muzycznego. Palester wszedł do zarządu nowo powstałego Związku Zawodowego Muzyków, a także do Rady Wydawniczej Polskiego Wydawnictwa Muzycznego, którego dyrekcję objął Tadeusz Ochlewski. Po reaktywowaniu Konserwatorium Muzycznego w Krakowie, przemianowanego na Państwową Wyższą Szkołę Muzyczną, mianowano go prorektorem i profesorem klasy teorii i kompozycji (funkcję rektora powierzono Zbigniewowi Drzewieckiemu). Na pierwszym Ogólnopolskim Zjeździe Związku Kompozytorów Polskich Palester został wybrany wiceprezesem Zarządu Głównego i prezesem Oddziału Krakowskiego. Był też członkiem Komisji Programowej Szkolnictwa Muzycznego oraz członkiem Rady Teatralnej przy Ministerstwie Kultury i Sztuki. Należał do grupy artystów „zasłużonych na polu kultury i sztuki”, którym Prezydium Rady Ministrów przyznało wsparcie ze strony Państwa. W tym okresie jego muzyka często rozbrzmiewała na estradach koncertowych w Polsce i za granicą. 14 kwietnia 1945 roku na koncercie inauguracyjnym Filharmonii Krakowskiej pod dyrekcją Zygmunta Latoszewskiego wykonano Polonezy M. K. Ogińskiego, a na I Festiwalu Współczesnej Muzyki Polskiej w Krakowie miało miejsce prawykonanie II Symfonii.

Kolejne lata stały się dla Palestra punktem szczytowym pod względem liczby wykonań jego dzieł. Jego Koncert skrzypcowy znalazł się w programie pierwszego powojennego Festiwalu Międzynarodowego Towarzystwa Muzyki Współczesnej, który odbył się 14 lipca 1946 roku w Londynie. Solistką była Eugenia Umińska, a orkiestrą radia BBC dyrygował Grzegorz Fitelberg. Utwory Palestra były grywane w Paryżu, Brukseli, Amsterdamie, Hadze, Kopenhadze, Royaumont, Wenecji i Pradze. W 1947 roku jako jeden z sześciu kompozytorów Europy i Ameryki Południowej otrzymał zamówienie nowojorskiej League of Composers na napisanie utworu kameralnego. W rezultacie tego zamówienia powstała Mała serenada na flet, skrzypce i altówkę. Dużą popularność zyskał także Palester jako autor muzyki do pierwszych powojennych polskich filmów takich jak Zakazane piosenki i Ostatni etap. W 1946 roku otrzymał Nagrodę Muzyczną Miasta Krakowa.